Qillqa Ediciones tiene cuatro colecciones, dirigidas a diferentes públicos y con distintos contenidos.

Qillqa Serie monografías

Esta colección considera la publicación de trabajos originales de investigación y reflexión en ciencias sociales y humanidades, especialmente en historia, antropología social, arqueología y antropología biológica, abierta a autores nacionales y extranjeros. Asimismo, se considera la publicación de compilaciones, reimpresiones de interés y traducciones de libros editados en otros idiomas, que no hayan circulado en castellano y que sean relevantes para el conocimiento sociocultural de Chile y las regiones andinas.

Qillqa Serie tesis

Esta línea publica las mejores Tesis de Doctorado en Antropología correspondiente a la alianza entre la Universidad Católica del Norte y la Universidad de Tarapacá. Aquí, los proyectos editoriales son evaluados por un encargado del Comité Editorial en conjunto con el Comité de Postgrado quienes les asignan una nota, de acuerdo a la cual son o no aceptados, y se establece su prioridad en el proceso editorial.

Qillqa Serie textos visuales

Esta línea considera la publicación de libros ilustrados para la divulgación científica de colecciones, entre las que se cuentan aquellas arqueológicas del Museo R.P. Gustavo Le Paige s.j. (colecciones textiles, cerámicas, metales, maderas, entre otras), pinturas realizadas por el mismo Le Paige, fotográficas, y también cartográficas de los investigadores de este Instituto.

QILLQA Serie cuentos

Los Cuentos que forman parte de esta Colección de Qillqa Ediciones tienen por común ser una herramienta de divulgación sobre materias de estudio. Representan ediciones críticas de sí mismos, de manera de poder presentar a los lectores de toda edad, no solo niños,  una entrada a las cosmovisiones y, otra, al contexto histórico, social o tecnológico de la prehistoria e historia.